Çalışmalarda spesifik tedavi almayan veya sadece destek tedavisi (kan transfüzyonu, androjenler, düşük doz steroid vs) alan hastaların tanı konduktan sonra medyan sağkalım 10-15 yıl olarak ortaya konmuştur. Ancak bu süreler eculizumab öncesi döneme ait çalışmalardan elde edilmiştir. PNH da spesifik tedavi olan eculizumab sonrası ise sağkalım oranları artmıştır.

Klasik PNH veya AA-PNH Sendromu olması klinik prezantasyon veya prognostik faktörler açısından farklılık gösterse de komplikasyonlar (özellikle tromboz) açısından farklılık göstermemektedir. Tanıdan 10 yıl sonrasında kümülatif tromboz insidansı klasik PNH da yaklaşık %38 iken AA-PNH hastalarında %30 dur. Mortaliteden sorumlu ana parametrenin tromboz olduğu göz önüne alınırsa medyan sağ kalım açğsğndan bu iki antitenin farklı olmadığı yorumu yapılabilir.